L’eau est l’élément le plus important sans lequel il est impossible de peupler le désert et le mettre en valeur. Le Néguev ne possède ni rivières ondoyantes ni sources d’eau et une faible pluviométrie. Il n’y pleut que quelques jours par an. Les précipitations provoquent des inondations brutales, les flots roulent leurs eaux impétueuses dans les oueds à sec sans irriguer le sol. Pour conserver ces eaux, le KKL a construit des bassins de rétention qui endiguent les eaux de ruissellement. Ils servent à l’agriculture, à l’irrigation des terres, à la pisciculture et constituent des zones humides autour desquelles on crée des parcs et des aires de loisirs. Le KKL édifie aussi des réservoirs pour collecter des eaux usées recyclées que l’on fait venir du centre d’Israël où la population est très dense. Il est moins coûteux d’utiliser des eaux traitées que de trouver de nouvelles sources d’eau. Cette méthode diminue les besoins en engrais et augmente l’eau douce disponible pour la consommation domestique.
Le désert est une zone d’habitat unique, désséché et aride en apparence, mais une fois qu’on le connaît il fascine toujours davantage. Cependant le désert est une région fragile et il faut faire très attention à la manière dont on la met en valeur. Le KKL-JNF est un expert du développement environnemental vert qui convient au Néguev. Les plus grandes forêts jamais plantées en Israël. Les forêts de Lahav et de Yatir, sont situées dans le Néguev septentrional. Plus au sud, le KKL a creusé des limans, des bosquets plantés dans des bassins de captage d’eau, ce qui permet à ces arbres de survivre uniquement par l’apport d’eaux de pluie sans autre intervention humaine. Actuellement le but de la reforestation du Néguev est de modifier cette région et de la transformer en savane et de nouvelles zones viennent s’y ajouter chaque année
Le Néguev possède des centaines de milliers d’hectares de terres inutilisées, mais la plupart de ces terres ne peuvent pas être exploitées directement pour les cultures. Il faut d’abord les défricher, c’est-à-dire niveler le sol, l’épierrer, le recouvrir d’une couche arable et faire le nécessaire pour empêcher l’érosion de cette couche par les inondations subites. A un stade plus avancé des travaux, on répartit le terrain en lots, on construit l’infrastructure des serres, on planifie, on installe des systèmes de drainage appropriées et parfois il faut même déminer. Le climat chaud du Néguev est idéal pour les cultures d’hiver qui peuvent être vendues à l’étranger et représentent un marché lucratif. Le KKL contribue à la plantation d’agrumes et d’oliveraies dans le Néguev occidental et construit l’infrastructure de serres et de bassins de pisciculture. Cette activité sert d’appoint à l’agriculture et favorise le peuplement rural du Néguev en permettant à une population plus nombreuse de venir s’établir dans cette région.